Juan (Sergio Muñiz), César (Sergio PerisMencheta) y Jofré (Eloy Azorín), los tres hijos de Rodrigo Borgia (Lluis Homar), se dirigen al Vaticano, donde se está celebrando el cónclave para elegir nuevo Papa. Allí se enteran de que su padre, Rodrigo Borgia, acaba de ser elegido pontífice con el nombre de Alejandro VI. El nuevo Papa sueña con aumentar los territorios del Vaticano de todas las formas posibles. Para ello nombra Capitán de sus ejércitos a Juan, su hijo mayor, y lo casa con María Enríquez, una noble dama española. A su hijo segundo, César, lo nombra Cardenal, y para su única hija, Lucrecia (María Valverde), acuerda el matrimonio con Juan Sforza. Finalmente obliga a Jofré, su hijo pequeño, a casarse con Sancha de Aragón (Linda Batista). Pero César quiere ocupar el lugar de su hermano Juan y controlar el ejército. Entre los dos comienza una gran rivalidad. Una noche, los hermanos regresan de una fiesta y Juan se despide de ellos. Al día siguiente, encuentran su cadáver en el río. El dolor de Alejandro es inmenso: es su hijo preferido. Con la muerte de Juan, César deja los hábitos y es nombrado Capitán de los ejércitos. Al frente de ellos conquista los territorios vecinos y, así, se extienden las fronteras del Vaticano. Los sueños de Alejandro VI para iniciar una dinastía han comenzado a cumplirse. Pero los enemigos de los Borgia han ido aumentando con el paso del tiempo. Las antiguas rivalidades germinan convertidas en oscuras tramas que van a poner en peligro la hegemonía de la familia en Roma.... Rodrigo Borgia, en presencia de sus tres hijos, Juan, César y Jofré, es elegido Papa con el nombre de Alejandro VI. El nuevo Papa sueña con aumentar territorios para el Vaticano. Nombra capitán de sus ejércitos a Juan y lo casa con una noble española. A César le nombra cardenal, y obliga a Jofré a casarse con Sancha de Aragón. Para su única hija, Lucrecia, acuerda el matrimonio con Juan Sforza.Entre los hermanos César y Juan existe una gran rivalidad y una noche, después de volver juntos de una fiesta, el cadáver de Juan, el favorito de Alejandro, es encontrado en un río. César entonces deja los hábitos y es nombrado capitán de los ejércitos. Conquistará territorios vecinos y aumentará las fronteras del Vaticano. Pero todo se derrumba con la muerte de Alejandro VI y con la elección del nuevo papa, Giuliano Della Rovere, enemigo de los Borgia.