Thomas "Neo" Anderson (Keanu Reeves) tomó una costosa decisión cuando decidió hacer la pregunta que Morfeo (Laurence Fishburne) y Trinity (Carrie-Anne Moss) habían formulado antes que él. Buscar y aceptar la verdad. Liberar su mente de Matrix. Ahora, Neo adquiere un mayor dominio de sus extraordinarios poderes mientras Sióncae sitiada por el Ejército de las Máquinas. Sólo una cuestión de horas separa al último enclave humano en la Tierra de 250.000 Centinelas programados para destruir a la humanidad. Pero los ciudadanos de Sión, animados por la convicción de Morfeo de que el Elegido hará realidad la Profecía del Oráculo y pondrá fin a la guerra con las Máquinas, ponen todas sus esperanzas y expectativas en Neo, el cual se encuentra bloqueado por visiones inquietantes mientras busca qué medidas tomar. Fortalecidos por su amor mutuo y por su creencia en sí mismos, Neo y Trinity deciden volver a Matrix con Morfeo y desatar su arsenal de extraordinarias destrezas y armas contra las sistemáticas fuerzas de represión y explotación. Pero existen poderosas figuras dentro de Matrixque niegan el artificio de la decisión, eludiendo la responsabilidad que supone, al tiempo que se alimentan de las verdades emocionales de los demás. Entretanto, hay exiliados como el Agente Smith (Hugo Weaving), cuya inexorable conexión con Neo le obliga a desobedecer al sistema que ha pedido su eliminación. Impulsado por la humanidad que en otro tiempo despreció, Smith destruirá todo lo que se interponga en su camino en su búsqueda de venganza. En su peligroso viaje para comprender mejor al constructor de Matrix y su decisivo papel en el destino de la humanidad, Neo se enfrentará a una mayor resistencia, a una verdad aún mayor y a una decisión más imposible de lo que jamás imaginó. En la confluenciade amor y verdad, fe y conocimiento, intención y razón, Neo debe seguir el camino que ha elegido.... Neo y su grupo descubren que dentro de 72 horas unas 250.000 maquinas llegarán a Zion para arrasar la única ciudad humana. En ese tiempo Neo tendrá que intentar cambiar el futuro de Zion y el de su amada, Trinity, pues un oscuro destino se le presenta en sus sueños.