"Código 46" está ambientada en un posible futuro próximo, donde los ciudadanos están duramente controlados por el gobierno. La gente no puede viajar sin un seguro especial de viaje y sin pasar estrictos controles de seguridad. William (Tim Robbins), un hombre casado, inspector de seguros, es enviado a una de las ciudades a investigar un caso de estafa. Durante el transcurso de sus investigaciones conocerá a María (Samantha Morton), una joven falsificadora, de quien se enamorará. Sin embargo, sólo podrán estar juntos el tiempo que dura su seguro de viaje: 24 horas.... En un posible futuro las ciudades están controladas por barreras casi imposibles de traspasar, tan solo se puede viajar de unas ciudades a otras a través de las aduanas y con el correspondiente permiso. Fuera de las ciudades se expande un temible desierto donde se agolpan los sin papeles mientras malviven en chabolas.William, un padre de familia que trabaja como agente de seguros es el encargado de investigar una posible falsificación de estos importantes papeles. Será enviado a una ciudad diferente de la suya en la que acabará enamorándose de la principal sospechosa del caso, pero su amor solo podrá vivir 24 horas, justo el tiempo que le queda para que se le acabe su permiso para volver a casa.