Ash, Pokémon y sus amigos viajan a la isla de Shamouti, donde se transformarán en los protagonistas de una leyenda que se convierte en realidad: las tres poderosas aves Moltres (que domina el fuego), Zapdos (que reepresenta los relámpagos) y Articuno (que conserva el hielo) representan el equilibrio de la naturaleza. Pero cuando una de ellas, Moltres, es secuestrada, la leyenda dice que sólo un humano podrá restablecer el orden. Ash se transforma así en el héroe mítico que intentará salvar a la humanidad con ayuda de los Pokémon.