El psiquiatra Atsuko Chiba ha desarrollado un método de terapia revolucionario denominado "PT", un prototipo de máquina experimental gracias a la cual es posible introducirse en la mente de los pacientes para tratar sus ansiedades. Uno de los modelos de PT es robado del laboratorio del Dr. Atsuko y comienzan a utilizarlo para invadir las mentes de sus creadores, destruyendo sus personalidades mientras duermen. Convertido en Paprika, el avatar que adquiere el psiquiatra en el interior de los sueños, se dará pie a una investigación onírica para dar con el causante del robo y descubrir sus verdaderas intenciones.... En un futuro cercano, una compañía ha creado un instrumento denominado 'DC Mini', un aparato que permite a una persona cualquiera monitorizar e incluso intervenir en los sueños de otra perona. Los usos terapéuticos o de ocio son ilimitados, aunque aún se haya en fase de ultimación. Sin embargo, cuando alguien robe tres DC Mini de la fábrica, los científicos descubrirán que el aparato también puede utilizarse para fines mucho más peligrosos. Será labor de la doctora Atsuo Chiba y su avatar onírico Paprika el investigar quién ha robado los DC Mini antes de que el caos se adueñe del mundo.