Durante su viaje a un planeta desolado que se encuentra a muchos años luz de la Tierra, el profesor Daiba y su hijo Tadashi descubren una nueva amenaza galáctica entre las ruinas que están excavando. Se trata de NU, un espectro transdimensional que quiere regresar a esta era espacial y enviar a toda la humanidad a una dimensión subespacial espectral. ,Un día Tadashi, hijo del profesor, es salvado por nada menos que el legendario pirata del espacio Capitán Harlock de una muerte segura. Ambos unirán sus fuerzas para luchar contra UN y destruirlo para salvar la Tierra.