Hace ya 3 años que los supervivientes de Battle Royale, Nanahara y Noriko, escaparon de la isla y el mundo sufre ahora una Edad del Terrorismo. El grupo revolucionario capitaneado por Nanahara ha declarado la guerra a todos los adultos, que obligan a los adolescentes a matarse unos a otros bajo la sangrienta ley de BR. Temeroso y desesperado, el gobierno ha dado el paso ahora a la ley antiterrorista del milenio, más conocida como la BR 2. ,Un autocar de adolescentes de excursión de instituto son secuestrados por el ejército y anillados con el mortífero collar explosivo, Tendrán 72 horas para acabar con Nanahara y su grupo o serán aniquilados de la forma más cruel...
Tres años han pasado desde lo acontecido en Battle Royale I... la muerte de mas de 8000 personas en un sistemático ataque a edificios emblemáticos de Tokio, convierten a Nanahara Shuya y su organización 'Wild Seven' en la peor pesadilla terrorista que ha vivido el gobierno japonés y el mundo. Tras la aceptación del programa Battle Royale II , 42 estudiantes japoneses son enviados a la isla-fortaleza de Wild Seven, donde han de cumplir el objetivo de eliminar a Nanahara Shuya en un límite de 3 días, o todos morirán.